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SOUTHERN BLOT o SOUTHERN BLOTTING

Etimologia : da blotting  =  capillarità /modalità con cui avviene il trasferimento/.
In biologia molecolare, tecnica standard per il trasferimento di DNA sulla superficie di una membrana.
Il DNA viene risolto per elettroforesi su gel d'agarosio o di poliacrilammide e trasferito per capillarità (blotting) su speciali membrane di nylon o di nitrocellulosa.
I frammenti da identificare vengono evidenziati per ibridazione del filtro (membrana) con una sonda.
Avendo un’elevata specificità, si ricorre a tale tecnica per determinare l’eventuale presenza di specifici frammenti genici e per studiare la struttura e l’organizzazione di un gene. Gli unici suoi svantaggi consistono in una metodologia che richiede sia tempo sia discrete quantità di DNA (bassa sensibilità).
Si procede innanzi tutto isolando il DNA genomico; quindi si procede a digerirlo ricorrendo ad uno specifico enzima di restrizione; si procede quindi ad elettroforesi dei frammenti di DNA su gel d’agarosio o di poliacrilammide; si procede poi ad una denaturazione del DNA per separare i filamenti complementari (tramite immersione in soluzione alcalina per un tempo di 15 minuti, ad es. con acido cloridrico diluito. Se vengono utilizzati metodi di trasferimento alcalini, si potrà ricorrere ad una soluzione alcalina, tipicamente contenente idrossido di sodio, per denaturare il DNA a doppio filamento); si trasferisce poi il DNA su membrana per blotting (capillarità) dopo applicazione di una pressione uniforme sul gel; si procede infine ad ibridazione con una sonda marcata.
Con annotazione che, a seconda della natura della membrana, dopo il il trasferimento il DNA va fissato covalentemente alla membrana: nel caso del nylon o della nitrocellulosa per irradiazione UV; nel caso della nitrocellulosa per cottura a 2h 80 °C..
Tale tecnica trova essenzialmente applicazioni pratiche nei campi delle analisi filogenetiche e della mappatura genomica, della diagnosi di malattie ereditarie, dell’individuazione di agenti patogeni nelle infezioni.
Se si procede per l’identificazione del DNA, la tecnica prende il nome di “Southern blot” (dal nome del suo ideatore, il biologo inglese Edwin Southern); laddove invece si proceda con l’identificazione di RNA e proteine, le tecniche prendono rispettivamente i nomi (per mera analogia) di “Northern blot” e “Western blot”.